組織図
| 理事長 | 石川 文保 | 株式会社ヤクルト本社研究開発本部 顧問 非営利法人ヤクルト本社ヨーロッパ研究所 社長 |
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| 常務理事 | 南野 昌信 | 株式会社ヤクルト本社研究開発本部 顧問 |
| 理事 | 伊藤 喜久治 | 元東京大学大学院農学生命科学研究科 教授 |
| 大草 敏史 |
順天堂大学大学院 客員教授 東京慈恵会医科大学医学部 客員教授 |
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| 尾﨑 博 | 東京大学 名誉教授 | |
| 神谷 茂 | 杏林大学 名誉教授 | |
| 行天 良雄 | 医事評論家 | |
| 新藏 礼子 | 東京大学定量生命科学研究所 教授 | |
| 渡邉 治雄 | 国立感染症研究所 名誉所員 | |
| 監事 | 東 聖高 | 元みずほ銀行 |
| 因幡 健 | 税理士法人Stand by C | |
| 評議員 | 岩田 敏 | 公益財団法人日本感染症医薬品協会 理事長 熊本大学 特任教授 東京医科大学微生物学分野 客員教授 |
| 岩橋 理彦 | 元文部科学省 | |
| 奥村 康 | 順天堂大学大学院医学研究科 アトピー疾患研究センター長 | |
| 川畑 裕之 | 株式会社ヤクルト本社 取締役専務執行役員 | |
| 笹川 千尋 | 東京大学 名誉教授 千葉大学 真菌医学研究センター長 |
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| 武見 ゆかり | 日本栄養大学 副学長 栄養学部 教授 | |
| 長岡 正人 | 株式会社ヤクルト本社 常務執行役員 | |
| 根岸 孝成 | 株式会社ヤクルト本社 特別相談役 | |
| 八村 敏志 | 東京大学大学院農学生命科学研究科食の安全研究センター 教授 | |
| 早川 智 | 日本大学総合科学研究所 教授 | |
| 平野 宏一 | 株式会社ヤクルト本社研究開発本部 常任顧問 株式会社ヤクルトマテリアル 代表取締役社長 ヤクルト薬品工業株式会社 代表取締役社長 |
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| 辨野 義己 | 一般財団法人辨野腸内フローラ研究所 理事長 国立研究開発法人理化学研究所 名誉研究員 十文字学園女子大学 客員教授 |
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| 若林 敬二 | 静岡県立大学食品栄養環境科学研究院 特任教授 |
(五十音順)［2026年（令和8年）7月1日現在］
