| 理事長 | 澤田 治司 | 株式会社ヤクルト本社中央研究所 顧問、 非営利法人ヤクルト本社ヨーロッパ研究所 社長 |
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| 常務理事 | 石川 文保 | 株式会社ヤクルト本社 取締役常務執行役員、中央研究所長 |
| 理事 | 伊藤喜久治 | 前東京大学大学院農学生命科学研究科 教授 |
| 尾崎 博 | 東京大学大学院農学生命科学研究科 教授 | |
| 金澤曉太郎 | 自治医科大学 名誉教授 | |
| 神谷 茂 | 杏林大学医学部 教授 | |
| 行天 良雄 | 医事評論家、国際医療福祉大学 教授 | |
| 森地 敏樹 | 元日本大学生物資源科学部 教授 | |
| 監事 | 東 聖高 | 株式会社ユウシュウ建物 特別顧問 |
| 亀山 博司 | 税理士 | |
| 評議員 | 岩田 敏 | 慶応義塾大学医学部感染症学教室 教授 |
| 岩橋 理彦 | 公益財団法人セコム科学技術振興財団 | |
| 大草 敏史 | 東京慈恵会医科大学医学部 教授 | |
| 奥村 康 | 順天堂大学医学部 特任教授、名誉教授 | |
| 上野川修一 | 東京大学 名誉教授 | |
| 笹川 千尋 | 東京大学 名誉教授 一般財団法人日本生物科学研究所 所長 千葉大学真菌医学研究センター長 |
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| 椎野 健一 | 株式会社ヤクルト本社 取締役専務執行役員 | |
| 竹田 美文 | 国立感染症研究所 名誉所員 | |
| 南野 昌信 | 株式会社ヤクルト本社 執行役員、中央研究所 副所長 | |
| 根岸 孝成 | 株式会社ヤクルト本社 代表取締役社長 | |
| 平野 宏一 | 株式会社ヤクルト本社 執行役員 | |
| 辨野 義己 | 理化学研究所社会知創成事業イノベーション推進センター 辨野特別研究室 特別招聘研究員 |
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| 山城 雄一郎 | 順天堂大学大学院プロバイオティクス研究講座 特任教授 |
(五十音順)（平成27年7月1日 現在）
